Typages en microbiologie : définition, différentes méthodes de typage, cas particulier des typages MLST

1.1 Intérêt des typages

La notion de typage en bactériologie peut s'illustrer facilement grâce à son intérêt épidémiologique. Ainsi, on aura a souvent besoin de savoir si une souche bactérienne isolée chez un patient provient de la même source que d’autres souches de même espèce isolées chez d’autres patients ou dans l’environnement. Cela permettra, par exemple, de pister une chaîne infectieuse dans un hôpital ou lors d’une intoxication alimentaire collective. La mise en évidence d’une telle chaîne infectieuse est possible à la condition de disposer d'une méthode de typage qui permette une caractérisation très fine de différents isolats au sein d'une espèce. On cherche à enquêter sur la « clonalité » des souches isolées.

Évidemment les typages ont des applications plus vastes que le seul domaine médical : écologie microbienne au sens large.

1.2 Différentes méthodes : Aperçu rapide

On distingue, les techniques phénotypiques et les techniques génotypiques.

Techniques phénotypiques :

• Biotypages. En multipliant les tests de type sucres métabolisés ... Pouvoir discrimant très faible, peu reproductible.
• Antibiotypages. Analyse plus ou moins complexe d'antibiogrammes. La méthode s'est révélée performante par analyse multivariée des diamètres d'inhibition obtenus par antibiogramme standardisé dans certains cas médicaux (staphylocoques dorés). Mais elle ne peut prétendre à aucune universalité.
• Lysotypages. Profils de sensibilité à différents bactériophages. Les lysotypages ont été développés pour certains pathogènes nosocomiaux (S. aureus, P. aeruginosa, et Salmonella spp.). La méthode est complexe, particulière à telle ou telle espèce et nécessite l'entretien de souches phagiques...
• Sérotypages. Fondée sur la présence ou l’absence de déterminants antigéniques somatiques, flagellaires et capsulaires et de leur réaction avec des antiserums spécifiques. La sérotypie a été l’un des outils classiques pour l’étude de l’épidémiologie de certains micro-organismes (E. coli, P. aeruginosa, Klebsiella spp.). Chez Salmonella et Shigella, les sérotypages sont très simples et de mies en oeuvre très rapide. Les antiserums spécifiques sont souvent chers ... Et gros défaut, même pour les espèces qui ont un grand nombre de variants antigéniques, ces méthodes ont un faible pouvoir de discrimination.
• Typages protéomiques. Etude du protéome pour typer une souche. Fait appel aux techniques d'électrophorèses bidimensionnelles classiques mais surtout aux techniques modernes de spectrométrie de masse (MS). Les analyses par MS ont actuellement débouché sur des identifications très performantes pour l'analyse médicale ; les plateformes d'identification par MS se multiplient. Des typages par MS sont en développement. A suivre de très près...

Techniques génotypiques :

La variété des techniques génotypiques est infinie (techniques RFLP diverses (ribotypage ...), RAPD PCR, MLST ...). Le lien suivant renvoi à un article présentant la variété des techniques et leur comparaison : Betsy Foxman, Lixin Zhang, James S Koopman, Shannon D Manning and Carl F Marrs ; Choosing an appropriate bacterial typing technique for epidemiologic studies ; Epidemiol Perspect Innov. 2005; 2: 10.

Une fois l'article chargé, cliquer sur le tableau 1 (Table 1) de comparaison des techniques. (Comparison of Common Bacterial Typing Techniques by Relative Discriminatory Power, Reproducibility, Repeatability, and Whether They Give Information on Dispersed or Focal Parts of the Genome, Time Required and Cost). Y'a qu'à lire ...

L'idéal pour une méthode de typage :
• haut pouvoir discriminant ;
• standardisation, reproductibilité (les mêmes résultats peuvent être obtenus dans tout laboratoire pratiquant la méthode) ;
• accessibilité universelle des données ;
• questions techniques de matériel nécessaire, durée de l'analyse, de prix ...pas trop cher in fine.

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