Les niveaux taxonomiques en virologie

Commençons par donner la définition de l'espèce en virologie en citant l'ICTV (International Comittee on Taxonomy of viruses) :
The universal virus classification system shall employ the hierarchical levels of Order, Family, Subfamily, Genus, and Species. a virus species is a polythetic class of viruses that constitute a replicating lineage and occupy a particular ecological niche. A polythetic class is one whose members have several properties in common, although they do not necessarily all share a single common defining property. In other words, the members of a virus species are defined collectively by a consensus group of properties. Virus species thus differ from the higher viral taxa, which are universal classes and as such are defined by properties that are necessary for membership.

La classification des virus utilise les niveaux hierarchiques :

ordre : suffixe = -virales. Exemple : Caudivirales.
famille , mais aussi sous-famille suffixes = -viridae et -virinae respectivement. Exemple : Myoviridae.
genre : suffixe = -virus en général. Exemples : Enterovirus et aussi T4-like viruses.
espèce : nom avec le suffixe virus ou "nom" suivi du mot virus séparé du nom ou phage dans le cas des virus des bactéries ou des archaebactéries. Exemples : Poliovirus ; Hepatitis A virus ; Enterobacteria phage T4.

Comme cité ci-dessus en anglais de l'ICTV, une espèce de virus est un taxon polythétique : taxon défini par une combinaison d’états de caractères, chacun de ces états pouvant éventuellement se rencontrer hors du taxon considéré, ou faire occasionnellement défaut chez un des membres du taxon considéré. En revanche les taxons de niveau hiérarchique supérieurs, genre, famille, ordre sont définis à l'aide de critères nécessaires (pas de polythétie).

Comme c'est la règle dans les classifications actuelles du vivant, la classification "idéale" devrait s'accorder avec l'histoire évolutive des virus (phylogénie). Mais ceci n'est possible que dans la mesure où des données convaincantes de phylogénie sont disponibles... C'est le virus HIV qui peut donner un bon exemple d'étude phylogénique en virologie, par exemple en allant à http:// http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/news/081101_hivorigins.

Les appellations officielles tendent à être latinisées mais ... les appellations bactériophage T4, virus de l'immunodéficience humaine de type 1 (HIV-1) sont des appellations conformes.

2. Les grands critères des constructions taxonomiques

Il me paraît possible de donner la liste suivante de critères fondamentaux non hiérarchisés :

Le génome : nature de l'acide nucléique (ADN ou ARN) et architecture du génome (ds (double brin) linéaire ou ds circulaire ; ss (simple brin) linéaire ss circulaire ; (+) ou (-) ; segmenté ou pas ; 1 ou 2 copies par virus).
La présence ou non d'une enveloppe : virus nus ou enveloppé :.
Les propriétés de symétrie de la capside : icosahèdre (I), hélice (H), symétrie complexe (C), présence d'une tête et d'une queue ...
La nature de(s) l'hôte(s).
Présence d'enzymes particulières dans les virions comme une reverse transcriptase, une ARN polymérase ARN dépendante (T)...

Puis viennent les critères fins de pouvoir pathogène, les descriptions fines ...

Un site intéressant, le site de Frederick A. Murphy (University of Texas Medical Branch) et son eBook, Foundations of Virology, accessible à http://www.utmb.edu/virusimages/

La classification dite de Baltimore (non phylogénétique !) distingue 7 grandes familles de virus (I à VII) en fonction de la nature de leur génome (ADN ou ARN, simple ou double brin) et présence (ou pas) d'une polymérase embarquée (ARN polymérase ARN dépendante ou reverse transcriptase). Tout cela est présenté de façon superbe à https://viralzone.expasy.org/254.

3. Un aperçu sous forme de tableaux

Vous avez accès à des tableaux très simplifiés plaçant quelques familles de virus et quelques espèces.

J'ai choisi les critères de la classification de Baltimore comme critères fondamentaux. Ils sont utilisés par l'ICTV pour sa page d'entrée dans les descriptifs (navigation souvent agréable): https://talk.ictvonline.org/ictv-reports/ictv_online_report/

Et aussi, incontournable, la "viralzone" du portail bioinformatique ExPASy (avec des schémas superbes) :http://viralzone.expasy.org/