Les niveaux taxonomiques en virologie


Commençons par donner la définition de l'espèce en virologie en citant l'ICTV (International Comittee on Taxonomy of viruses) :
The universal virus classification system shall employ the hierarchical levels of Order, Family, Subfamily, Genus, and Species. “a virus species is a polythetic class of viruses that constitute a replicating lineage and occupy a particular ecological niche”. A “polythetic class” is one whose members have several properties in common, although they do not necessarily all share a single common defining property. In other words, the members of a virus species are defined collectively by a consensus group of properties. Virus species thus differ from the higher viral taxa, which are “universal” classes and as such are defined by properties that are necessary for membership.

La classification des virus utilise les niveaux hierarchiques :

Comme cité ci-dessus en anglais de l'ICTV, une espèce de virus est un taxon polythétique : taxon défini par une combinaison d’états de caractères, chacun de ces états pouvant éventuellement se rencontrer hors du taxon considéré, ou faire occasionnellement défaut chez un des membres du taxon considéré. En revanche les taxons de niveau hiérarchique supérieurs, genre, famille, ordre sont définis à l'aide de critères nécessaires (pas de polythétie).

Comme c'est la règle dans les classifications actuelles du vivant, la classification "idéale" devrait s'accorder avec l'histoire évolutive des virus (phylogénie). Mais ceci n'est possible que dans la mesure où des données convaincantes de phylogénie sont disponibles... C'est le virus HIV qui peut donner un bon exemple d'étude phylogénique en virologie, par exemple en allant à http:// http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/news/081101_hivorigins.

Les appellations officielles tendent à être latinisées mais ... les appellations bactériophage T4, virus de l'immunodéficience humaine de type 1 (HIV-1) sont des appellations conformes.

2. Les grands critères des constructions taxonomiques

Il me paraît possible de donner la liste suivante de critères fondamentaux non hiérarchisés :

Puis viennent les critères fins de pouvoir pathogène, les descriptions fines ...


Un site intéressant, le site de Frederick A. Murphy (University of Texas Medical Branch) et son eBook, Foundations of Virology, accessible à http://www.utmb.edu/virusimages/


3. Un aperçu sous forme de tableaux

Vous avez accès à des tableaux très simplifiés plaçant quelques familles de virus et quelques espèces.

J'ai choisi la structure du génome comme critère présenté en premier (un critère fondamental et pratique). J'avais utilisé, en 2006, l'ancienne adresse http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ICTVdb/Ictv/index.htm comme source fondamentale (il s'agissait alors de la base de données de l'International Committe on Taxonomy of viruses). Depuis 2012, le site actuel de l'ICTV a beaucoup perdu en accessibilité gratuite puisqu'on n'y trouve plus de descriptions détaillées en ligne, une visite s'impose quand même, notamment à http://ictvonline.org/virusTaxonomy.asp

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Heureusement la "viralzone" du portail bioinformatique ExPASy est géniale (avec des schémas superbes) :http://viralzone.expasy.org/