Vocabulaire

Les termes "allostérie classiques", "réponse hétérotropique", "effet hétérotropique" sont équivalents et font référence au fait que les 2 ligands d'intérêt ne sont pas les mêmes. Exemple : Deux ligands A et B et des sites pour A et B distincts éloignés. On regarde comment la fixation du ligand A sur son site influence ce qui se passe pour la fixation du ligand B. Si il y a une influence, on a mis en évidence un effet hétérotrope.

Les termes "effet coopératif", "réponse homotrope", "effet homotrope" sont équivalents et font référence au fait que les 2 ligands d'intérêt sont les mêmes alors qu'ont observe bien une influence sur ddes sites éloignés. Exemple : Un ligands A et plusieurs sites pour A distincts et éloignés. On regarde comment la fixation du ligand A sur un site influence ce qui se passe pour la fixation du ligand A sur les autres sites. Si il y a une influence, on a mis en évidence un effet coopératif (homotrope).

Voici le texte original de W. Fenton dans Trends Biochem Sci. 2008 September; 33(9): 420–425 à ce sujet : "The only difference between classic allostery (i.e. heterotropic response, heterotropic allostery or heterotropic cooperativity) and classic cooperativity (i.e. homotropic response, homotropic allostery or homotropic cooperativity) is the chemical relationship of the two ligands. Therefore, it is common to consider allostery and cooperativity as subclasses of the same phenomenon. The subclass is which the two ligands of interest are not chemically identical (classic allostery) is distinguished by the term ‘heterotropic’. The subclass in which the two ligands of interest are chemically identical (classic cooperativity) is distinguished by the term ‘homotropic’. Both homotropic and heterotropic responses can give rise to either K-type or V-type effects, as defined elsewhere.

Le terme d'effecteur allostérique (ou ses synonymes ligand allostérique et modulateur allostérique) désigne tout ligand qui entraine une réponse allostérique (ou effet allostérique) après liaison (cf. ci-dessus pour les réponses allostériques).

Effet de type K. Un effet allostérique est mis en évidence pour lequel la liaison de l'effecteur allostérique à l'enzyme modifie l'affinité pour le second ligand dont la fixation sur un site éloigné est étudiée.

Effet de Type V. Un effet allostérique est mis en évidence pour lequel la liaison de l'effecteur allostérique à l'enzyme modifie le coefficient catalytique (kcat or Vmax). Ces effets V sont généralement mixtes V et K.