4.Etude d'une publication avec western blot (semi)-quantitatif

4.1 Un contexte

Ce qui suit provient de "Sturdivant, N., Smith, S., Ali, S. et al. Acetazolamide Mitigates Astrocyte Cellular Edema Following Mild Traumatic Brain Injury. Sci Rep 6, 33330 (2016)". https://www.nature.com/articles/srep33330#rightslink.

Il s'agit d'un travail dont le contexte très général est la commotion cérébrale. Le travail s'intéresse aux oedèmes et gonflements observés chez les astrocytes (des cellules "nourricières") qui accompagnent les neurones) dont les conséquences sont néfastes au cerveau : effet de surpression morbide. Un canal à eau (aquaporine-4, AQP4) est sur-exprimé chez les astrocytes du cerveau après les commotions. Le laboratoire travaille sur un modèle in vitro permettant de stresser mécaniquement des astrocytes en culture (simulation de commotion) et de tester l'effet d'une drogue inhibitrice de AQP4, l'acetazolamide (AZA). Dans l'idée d'un traitement médical des commotions...

Note. Ci-dessous on présente les études de western blot présentes dans l'article, mais y'a évidemment beaucoup plus dedans. Bonne lecture si ça vous intéresse.

4.2 Les Western blot réalisés

exemple Wblot analyse quanti, npormallisation

4.3 Comment les résultats sont présentés dans une figure

présentation des resultaats de Wblot quantitatif

4.4 Comment est réalisée la normalisation GAPDH ?

Soit le tableau des mesures brutes des intensités des bandes (en ne traitant qu'une manipulation pour ne donner que le principe, alors que n=7).

Piste

Intensité mesurée
signal GAPDH

Intensité mesurée
signal AQP4

(-)AZA
commotion 0%

12017

1285

(-)AZA
commotion 10%

12237

2286

(+)AZA
commotion 0%

7648

956

(+)AZA
commotion 10%

7335

1102

On peut construire le tableau normalisé (grâce à la GAPDH dont on admet l'expression comme constante).

Piste

Intensité mesurée
signal GAPDH

facteur de normalisation
=(signal piste_i)/(signal_piste_la_plus_élevée)

Intensité mesurée
signal AQP4

AQP4 intensité normalisée

AQP4 intensité normalisée
à 1 pour (+)AZA ; 0%

(-)AZA
commotion 0%

12017

=12017/12237 = 0,982

1285

=1285/0,982 = 1309

1309/1530 = 0,85

(-)AZA
commotion 10%

12237

=12237/12237 = 1

2286

= 2286/1 = 2286

=2286/1530 = 1,5

(+)AZA
commotion 0%

7648

=7648/12237 = 0,625

956

=956/0,625 = 1530

=1530/1530 = 1

(+)AZA
commotion 10%

7335

=7335/12237 = 0,599

1102

=1102/0,599 = 1838

=1838/1530 = 1,2

Note. Dans l'article, n=7. Le travail comme décrit ci-dessus a donc été réalisé pour les 4*7=28 pistes mesurées en AQP4 et AZA. L'ajustage ultime des valeurs AQP4 a été réalisé sur la moyenne des 7 résultats "d'AQP4 intensité normalisée" pour (+)AZA
commotion 0%, ajustage de cette moyenne à la valeur 1. Qui permet d'ajuster les 28 valeurs AQP4. Les écart-types calculés ... L'article ne donne évidemment aucune valeur des intensités "brutes" mesurées par le système informatique et logiciel. Les valeurs proposées ci-dessus ont été inventées pour expliquer le principe des calculs.

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