Le montage met en oeuvre 3 tampons différents compartimentés sur 4 domaines : le réservoir à la cathode, le gel de concentration, le gel de résolution, le réservoir à l'anode. Le montage est dit en "système de tampons discontinus". Ce système à été mis au point pour permettre au gel de concentration d'assurer la concentration des micelles SDS-unité polypeptidique des échantillons sur une bande de très faible épaisseur au niveau de l'arrivée au gel de résolution. Ainsi on dépose "grossièrement et pas très concentré" dans les puits et on obtient des dépôts très fins très concentrés à l'arrivée devant le gel de résolution. Ce système fait appel à un effet électrophorétique un peu complexe appelé isotachophorèse. Vous avez 2 solutions : accepter le fonctionnement du gel de concentration comme une boite noire ou essayer de le comprendre ... en lisant l'item 3 du menu de gauche "effet concentration".

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On prépare le montage d'électrophorèse (cf schéma ci-dessus)

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On prépare les échantillons et les protéines marqueurs de taille :
Les analytes sont convenablement dilués dans un tampon de charge concentré dit SB (par exemple du SB 2x ou 5x). Le tampon SB apporte du glycérol à forte concentration ce qui permettra de densifier le dépôt et lui permettra de "couler" gentiment au fond d'un puits.
Le tampon SB apporte le SDS et le 2-mercaptoéthanol nécessaires à l'obtention des micelles SDS-unités polypeptidiques par traitement à 100°C.
Le tampon SB contient enfin un colorant de forte densité de charge négative (en général du bleu de bromophénol) qui sera utilisé comme marqueur de référence des migrations.
On traite quelques minutes au bain-marie bouillant et on peut déposer.

La solution de protéines marqueurs de taille est traitée de la même façon.

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C'est alors la phase de réalisation des dépôts, à l'aide de pipettes mécaniques avec des poites fines. On n'oublie pas de faire un plan ...

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Puis on met sous tension :
- on va voir alors les dépôts se concentrer dans la zone de concentration ;

- puis on verra le colorant en progression dans le gel de résolution au niveau d'une interface transparente (interface chlorure/glycinate expliquée si le coeur vous en dit dans l'item 3 du menu de gauche "effet concentration".)

On laisse migrer un certain temps ... pas trop quand même, le colorant marqueur est là pour nous guider.

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