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JF Perrin mise à jour 2020
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On peut mélanger une colonie bactérienne directement dans une matrice pour spectrométrie de masse MALDI-TOF et lancer une analyse. Les "molécules-ions" positifs produits par la source laser conduiront à un spectre de pics, chacun avec son rapport m/z. Dans l'intervalle des m/z de 4000 à 10 000, on a pu montrer que les pics obtenus correspondaient à des molécules-ions très souvent issues de protéines et en particulier de protéines ribosomales, des protéines fonctionnelles fondamentales bien conservées au sein d'une espèce. Et ainsi, il est apparu que, si les conditions de culture ne sont pas trop variées, les spectres donnaient des signatures des espèces qui pouvaient ainsi permettre leur identification.
Voici deux liens vers 2 vidéos "technico-commerciales" qui permettent de rendre les explications ci-dessus très concrètes. Pour la vidéo https://www.youtube.com/watch?v=D2IBiMJuK0g, il suffit de regarder de 47s à 2min56s. Pour la vidéo https://www.youtube.com/watch?v=W80pAYLEDE4, il peut suffire de regarder de 2min 05s à 2min 49s. A regarder !!
Il faut bien comprendre que l'identification microbienne par MALDI-TOF MS repose sur la comparaison entre le spectre obtenu (MS fingerprint, empreinte en spectrométrie de masse) avec la souche à identifier et les spectres de souches connues d'une base de données. Ainsi plus la base de données est riche meilleur seront les identifications (le système s'améliore avec l'enrichissement de la base de données). Les bases de données actuelles résultent de l'analyse de plusieurs centaines de souchhes de chacune des espèces qu'elles proposent à l'identification. La comparaison est conduite par un logiciel informatique qui va produire un résultat sous forme d'une liste d'espèces de la plus probable à la moins probable. L'identification sera concluante si le premier de liste est très nettement en tête avec un niveau de confiance élevé (par exemple 0,99).
L'identification par analyse de spectre MALDI-TOF MS est une identification probabiliste sur profil phénotypique. De ce point de vue, ce n'est pas très différent d'une identification probabiliste sur galerie de caractères phénotypiques.
Gros intérêts de cette technique d'identification : la simplicité préparation de l'échantillon sur les plaques de dépôts MALDI (à l'heure actuelle, il y a encore nécessité de colonies isolées sur une boite de culture, mais ça évolue...), la rapidité de l'analyse (quelques minutes), la qualité des identifications (en amélioration continue), le coût (l'investissement est un peu lourd mais après le coût est très très faible.)
