Systématique en microbiologie. Notion d'espèce. Classification mixte consensuelle en bactériologie

3. Classification phénotypique historique

Jusqu'à il n'y a pas si longtemps (années 60), la définition de chaque espèce en bactériologie n'utilisait que la prise en compte d'un certain nombre de caractères considérés comme importants tels que la morphologie, l'habitat, le pouvoir pathogène, la capacité à sporuler, l'existence de caractères biochimiques divers jugés essentiels... De même toutes les tentatives de constructions taxonomiques hiérarchisées (la création des taxons de rang supérieur à l'espèce : les différents genres, familles, ....) étaient établies à l'aide de ce type de critères . C'est pour celà qu'on qualifie cette ancienne classification de phénotypique ou phénétique.
Evidemment, le choix des critères était subjectif. Subjectivité à relativiser tout de même puisqu'on utilisait des critères qui se révélaient bien pratiques :
- Ainsi ce n'est pas ridicule de regrouper dans la même famille (phénétique) toutes les souches de type coques Gram positif, chimioorganotrophes, anaérobies aérotolérants, catalase négative, cultivant sur les milieux de culture "ordinaires" en 24-48 heures à 37°C .
- Ainsi ce n'est pas ridicule de regrouper dans le même genre (phénétique) toutes les souches de type bacilles à paroi de type Gram positif, chimiorganotrophes, aérobies strictes ou aéro-anaérobies facultatives, pouvant sporuler selon des endospores et généralement retrouvées dans les sols. Le genre Bacillus ainsi crée est bien pratique pour le microbiologiste. Au sein de ce genre phénétyque, il n'est pas ridicule de créer l'espèce Bacillus anthracis pour regrouper les souches pathogènes de l'anthrax (charbon bactéridien), souches qui portent toutes les plasmides de pathogénicité pXO1 et pXO2 ...

Mais une telle classification est par nature instable (elle présente cependant l'avantage d'être très propice aux discussions infinies entre mandarins...) et n'a que peu de chances d'être cohérente en regard des critères phylogénétiques. Ainsi, cette classification était un peu à l'image d'une classification d'enfant qui aurait tendance à placer les dauphins avec les poissons : vivent dans la mer, forme extérieure proche... Il faudrait vraiment avoir beaucoup de chance pour qu'une classification subjective phénotypique des bactéries soit en cohérence avec l'histoire évolutive des bactéries classées.

Ceci étant dit, comment construire autrement une classification à l'époque ? Il n'y avait alors pas d'alternative.

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