Systématique en microbiologie. Notion d'espèce. Classification mixte de consensus en bactériologie.

6. Aperçu de la classification

6.1 Les 3 domaines du vivant

Il apparaît que 2 hypothèses existent concernant les grands domaines du vivant apparus très tôt :

L'arbre des 3 domaines "Eubacteria, Archaea, Eukaryota"

Eubacteria, Archaea, Eukaryota

L'arbre dit "éocyte"

Eubacteria,Euryarchaeota,Crenarchaeota, Eukaryota

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6.2 Grandes divisions chez les Bacteria

Le "Bergey's Taxonomic outline" de Mai 2004 distingue 24 phylums. Les voici par ordre alphabétique avec entre parenthèse la numérotation Bergey's du phylum :

  • Acidobacteria (B XIX)
  • Actinobacteria (B XIV) Un des deux très gros ensembles de bactéries monodermes (Gram positives). Caractérisé par des bactéries à GC% élevé. Avec des genres incontournables : Streptomyces, Corynebacterium, Mycobacterium, Micrococcus ... Attention, il n'y a pas si longtemps toutes les Gram positives étaient des Firmicutes. Mais pour des raisons phylogéniques, les Firmicutes ont été scindées en Actinobacteria (XIV) et Firmicutes (XIII). Voir les Firmicutes ci-dessous.
  • Aquificae (B I)
  • Bacteroidetes (B XX) C'est dans ce phylum qu'on trouve le genre classique Bacteroides (bacilles, Gram négatif, chimiorganotrophie anaérobie stricte ...).
  • Chlamydiae (B XVI)
  • Chlorobi (B XI) Les bactéries phototrophes vertes sulfureuses, avec le genre Chlorobium.
  • Chloroflexi (B VI) Les bactéries photohétérotrotrophes dites vertes non sulfureuses avec le genre Chloroflexus
  • Chrysiogenetes (B V)
  • Cyanobacteria (B X) Les bactéries à phototrophie avec photolyse de l'eau.
  • Deferribacteres (B IX)
  • Deinococcus-Thermus (B IV) Des bactéries pour environnement extrème. A noter la paroi épaisse mais avec membrane externe. On obtient une coloration positive au Gram alors que la structure est en fait plus proche des "Gram négatives". Avec le fameux Thermus aquaticus à l'origine de la Taq polymérase.
  • Dictyoglomi (B XXIII)
  • Fibrobacteres (B XVIII)
  • Firmicutes (B XIII) Regroupe la plupart des bactéries monodermes (Gram positives), celles à GC% faible (mais pas les Actinobacteria à GC% élevé notamment). Des classiques de laboratoire : les genres Clostridium, Bacillus, Staphylococcus, Streptococcus, Enterococcus, Lactobacillus ... mais aussi les Mollicutes (= les bactéries dépourvues de paroi, elles ont rang de classe, un genre type = Mycoplasma ... C'est avec les Firmicutes Gram positives qu'elles ont trouvé leur placement phylogénétique ! comme quoi une paroi, ça peut se perdre).
  • Fusobacteria (B XXI)
  • Gemmatimonadetes (B XXIV)
  • Nitrospirae (B VIII)
  • Planctomycetes (B XV)
  • Proteobacteria (B XII) C'est le gros ensemble des bactéries didermes à membrane externe composée de lipopolysaccharides (LPS) (Gram négatif). La plupart sont chimioorganotrophes hétérotrophes, mais les exceptions sont nombreuses... les bactéries pourpres autotrophes photosynthétiques, des chimiolithotrophes comme thiobacillus ferrooxidans et les Nitrosomonas ...
    Pour information, le "Proteo" de Proteobacteria fait référence au dieu grec Protée dont la caractéristique essentielle était de pouvoir apparaître sous des formes très diverses.
  • Spirochaetes (B XVII) Et le fameux filament axial qui court entre la membrane et la paroi. Où l'on trouvera les célèbre genre Treponema et Treponema pallidum de la Syphilis.
  • Thermodesulfobacteria (B III)
  • Thermomicrobia (B VII)
  • Thermotogae (B II)
  • Verrucomicrobia (B XXII)

Et ci-dessous un arbre phylogénétique obtenu chez http://textbookofbacteriology.net/phyloarch.jpeg [Dr. Kenneth Todar University of Wisconsin Department of Bacteriology, Todar's Online Textbook of Bacteriology, http://textbookofbacteriology.net/, chapitre "http://textbookofbacteriology.net/procaryotes.html", consultation 06/2022].

arbre bacteria

Et chez le même auteur, un autre très joli arbre général (http://textbookofbacteriology.net/tree.jpeg).

arbre vivant

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