Systématique en microbiologie, bibliographie et sitographie

Systématique en microbiologie. Notion d'espèce. Classification mixte consensuelle en bactériologie.

7. Bibliographie et sitographie (liens vérifiés juin 2022).

• L'article taxinomie de Wikipedia présente bien ce concept : http://fr.wikipedia.org/wiki/Taxinomie(06/2022).

• Remerciements à J.P. Euzéby pour les réponses apportées à mes questions.
• L'incontournable site "LSPN" fondé en 1997 par J.P. Euzéby et géré aujourd'hui par Aidan C. Parte : http://www.bacterio.net/ (06/2022)
• Le code de nomenclature des bactéries est disponible à : https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijsem.0.000778. (06/2022). Le code phylogénique de nomenclature du vivant est consultable à http://phylonames.org/code/ (06/2022). Pour amateurs de règlements...

Pour ceux qui s'intéresse à la définition de l'espèce en microbiologie :

Très efficace mais pas en accès libre. Gevers, D., Cohan, F. M., Lawrence, J. G., Spratt, B. G., Coenye, T., Feil, E. J., … Swings, J. (2005). Re-evaluating prokaryotic species. Nature Reviews Microbiology, 3(9), 733–739. doi:10.1038/nrmicro1236
Genomic insights that advance the species definition for prokaryotes Konstantinos T. Konstantinidis and James M. Tiedje, PNAS, 2005, 102 (7) 2567-2572 ; https://doi.org/10.1073/pnas.0409727102 ; https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.0409727102#body-ref-ref1.
Jain, C., Rodriguez-R, L.M., Phillippy, A.M. et al. High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries. Nat Commun 9, 5114 (2018). https://doi.org/10.1038/s41467-018-07641-9. https://www.nature.com/articles/s41467-018-07641-9#citeas.
Belle intro. Chan, J. Z., Halachev, M. R., Loman, N. J., Constantinidou, C., & Pallen, M. J. (2012). Defining bacterial species in the genomic era: insights from the genus Acinetobacter. BMC microbiology, 12, 302. https://doi.org/10.1186/1471-2180-12-302. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3556118/.
Murray, C. S., Gao, Y., & Wu, M. (2021). Re-evaluating the evidence for a universal genetic boundary among microbial species. Nature communications, 12(1), 4059. https://doi.org/10.1038/s41467-021-24128-2. https://www.nature.com/articles/s41467-021-24129-1.

Pour naviguer dans la classification du vivant ...

• http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy (06/2022) (navigation dans toute la classification avec tous les liens vers les bases de données "entrez" !)
• Toujours pour naviguer dans l'arbre du vivant : http://tolweb.org/tree/ (06/2022).

Kenneth Todar de l'University of Wisconsin Department of Bacteriology propose un excellent cours le" Todar's Online Textbook of Bacteriology" à http://textbookofbacteriology.net :

• http://textbookofbacteriology.net/procaryotes.html (06/2022).

Pour ceux qui voudraient commencer à comprendre les techniques et les problèmes liés à la construction des arbres phylogéniques

• http://www.info.univ-angers.fr/~gh/Idas/Wphylog/infobiogen/phylogenie.htm (06/2022).
• Au sujet des horloges moléculaires : médecine sciences ; Volume 22, numéro 4, avril 2006, p. 374-380 téléchargeable à http://www.erudit.org/revue/ms/2006/v22/n4/012809ar.html (06/2022) .
• Introduction à la construction d'arbres phylogéniques à http://bioinfo-fr.net/les-arbres-phylogeniques-construction-et-interpretation (06/2022).
• Un mémoire de Master de l'univversité de Montréal comparant le séquençage des gènes ARNr 16S et de 9 gènes de protéines pour construire des arbres phylogénétiques chez des γ-protéobactéries. Consultable à : http://www.archipel.uqam.ca/2795/1/M9566.pdf (06/2022).
• Un article d'introduction aux horloges moleculaires, Emmanuel J P Douzery, Frederic Delsuc, Herve Philippe ; Les horloges moleculaires à l'heure de la genomique [Molecular dating in the genomic era] ; medecine/sciences, EDP Sciences, 2006, 22 (4), pp.374-80. Fichier pdf consultable à : https://hal.archives-ouvertes.fr/halsde-00315396/document (06/2022).
• Un bon article comparant l'utilisation des gènes l'ARNr 16 et rpoB pour construire des arbres phylogénétiques. Use of 16S rRNA and rpoB Genes as Molecular Markers for Microbial Ecology Studies ; Rebecca J. Case, Yan Boucher, [...], and Staffan Kjelleberg ; AEM 2007, 73(1):278-288 téléchargeable à http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1797146/#!po=36.1111 (06/2022).

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