Ainsi on retrouve de l'azote dans les protéines. On rapelle que les protéines sont des assemblages d'acides aminés liés par liaison amide peptidique. La biosynthèse des protéines exige la présence des 20 acides aminés fondamentaux du vivant.
Les acides nucléiques ADN et ARN sont riches en azote par leurs constituants bases azotées Adénine, Thymine, Guanine, Cytosine, Uracile. Mais on rencontre aussi de l'azote au niveau des phospholipides membranaires.
Les lipides membranaires contiennent de l'azote. On peut par exemple citer les phosphatidylcholines ou phosphatidyléthanolamines qui intégrent les molécules azotées choline et éthanolamine.
Les glucides ne sont pas en reste et peuvent contenir de l'azote. Penser par exemple à la N-acétylglucosamine (NAG) du peptidoglycane des parois de la plupart des bactéries.
De nombreux coenzymes contiennent l'élément azote. Comme FAD/FADH2 ...
Les solutions trouvées par les différents êtres vivants sont nombreuses.
Énonçons d'abord que toutes les bactéries assimilent l'N sous la forme minérale
ammonium NH4+ (azote ammoniacal). On rappelle
qu'assimiler signifie "faire passer l'élément d'une structure chimique minérale
à une structure chimique organique".
De nombreuses bactéries (pas toutes et pas toujours) sont capables de réduire les nitrates NO3- en ammonium, la forme finalement assimilée dans la matière organique. On parle de réduction assimilatrice des nitrates.
Le diazote N2 est un gaz présent en quantités colossales sur la
planète, malheureusement il est très peu réactif et assez rares sont les
espèces bactériennes qui peuvent l'assimiler après réduction en ammonium. Rares
? Tout est relatif. Puiqu'on trouve comme fixateurs du diazote des batéries
aérobies comme les Azotobacter, des anaérobies comme Clostridium
pasteurianum, des photosynthétiques comme les cyanobactéries, et les
célèbres Rhizobium qui vivent en symbiose avec des plantes
légumineuses. Les êtres vivants qui assimilent N2 sont qualifiés de diazototrophes.
L'azote entre évidemment par des nutriments organiques aminés chez de nombreuses espèces de micro-organismes (c'est aussi le cas chez Homo sapiens). Des bioconversions assureront alors son passage vers les multiples molécules azotées d'une cellule. Ce passage se fera ou pas avec un retour intermédiaire de l'azote à l'état ammoniacal. Ainsi l'arginine est régulièrement une excellente source d'azote.
Classiquement, dans l'analyse de la composition d'un milieu de culture il est d'usage de signaler les sources d'azote minérales (NO3- et/ou NH4+ en général) et/ou les sources organiques (très souvent des peptides et protéines ou directement des aminoacides).